วันที่ 23 พฤศจิกายน 2562 อันเป็นวันสุดท้ายของการเสด็จเยือนราชอาณาจักรไทยอย่างเป็นทางการ สมเด็จพระสันตะปาปาฟรังซิส พระประมุขแห่งพระศาสนจักรคาทอลิกและนครรัฐวาติกัน ทรงมีกำหนดการเสด็จเยือนประเทศญี่ปุ่นอย่างเป็นทางการ ระหว่างวันที่ 23 – 26 พฤศจิกายน 2562 เพื่อทรงอภิบาลคริสตชนในประเทศญี่ปุ่น

เมื่อเวลาประมาณ 9 นาฬิกา 15 นาที ตามเวลาท้องถิ่น สมเด็จพระสันตะปาปาฟรังซิส เสด็จโดยรถยนต์พระประเทียบจากสถานเอกอัครสมณทูตนครรัฐวาติกันประจำประเทศไทย มายังท่าอากาศยานทหาร 2 กองบิน 6 เมื่อเสด็จถึงสมเด็จพระสันตะปาปาทรงผ่านแถวทหารเกียรติยศ แล้วทรงอำลาผู้มีเกียรติฝ่ายไทยที่มารอส่งเสด็จ ได้แก่ นายสมคิด จาตุศรีพิทักษ์ รองนายกรัฐมนตรี ในฐานะผู้แทนรัฐบาล พร้อมด้วยรัฐมนตรี ข้าราชการชั้นผู้ใหญ่ และทรงอำลาผู้แทนผู้รับผิดชอบการรับเสด็จฝ่ายพระศาสนจักรท้องถิ่น เช่น พระคาร์ดินัลฟรังซิสเซเวียร์ เกรียงศักดิ์ โกวิทวาณิช ประธานสภาประมุขบาทหลวงโรมันคาทอลิกแห่งประเทศไทย อาร์ชบิชอป พอล ชาง อิน-นัม เอกอัครสมณทูตนครรัฐวาติกันประจำประเทศไทยพร้อมด้วยเจ้าหน้าที่สถานทูต บิชอบจาก 9 เขตศาสนปกครองในประเทศไทย และเด็กๆ ที่แต่งชุดประจำชาติไทยมาเข้าเฝ้า

ในโอกาสนี้ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์ องคมนตรี รักษาการประธานองคมนตรี เป็นผู้แทนพระองค์มาส่งเสด็จ ได้ถวายมาลัยข้อพระกร สมเด็จพระสันตะปาปาทรงรับมาลัย แล้วทรงอำลารักษาการประธานองคมนตรี ผู้แทนพระองค์ จากนั้น ทรงอำลาซิสเตอร์อานา โรซา ซีโวรี พระญาติของสมเด็จพระสันตะปาปา แล้วเสด็จขึ้นสู่เครื่องบินพระประเทียบ เวลา 9 นาฬิกา 55 นาทีโดยประมาณ สมเด็จพระสันตะปาปาฟรังซิส เสด็จจากท่าอากาศยานทหาร 2 กองบิน 6 ไปยังกรุงโตเกียว ประเทศญี่ปุ่น โดยเครื่องบินพระประเทียบซึ่งการบินไทยจัดถวาย

การเสด็จไปอภิบาลประเทศญี่ปุ่นอย่างเป็นทางการในครั้งนี้ มีแนวคิดหลักของการเสด็จเยือนว่า “Protect All Life” หรือ “พิทักษ์สรรพชีวิต” โอกาสนี้ สมเด็จพระสันตะปาปาจะเสด็จไปยังเมืองฮิโรชิมา และเมืองนางาซากิ ซึ่งเป็นสถานที่ได้รับผลกระทบการอาวุธนิวเคลียร์ในสงครามโลกครั้งที่ 2 มีผู้เสียชีวิตและได้รับผลกระทบเป็นจำนวนมาก ทั้งนี้ ในระหว่างการเสด็จเยือนเมืองฮิโรชิมา และนางาซากิ สมเด็จพระสันตะปาปาจะเสด็จไปทรงภาวนาอุทิศแก่เหยื่อระเบิดปรมาณูในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 ซึ่งสมเด็จพระสันตะปาปายอห์น ปอล ที่ 2 เคยเสด็จเยือนใน พ.ศ.2524 และจะเสด็จไปทรงคารวะมรณสักขีแห่งนางาซากิ ซึ่งสละชีพเพราะความเชื่อมั่นคงในพระคริสตศาสนาอีกด้วย

ทั้งนี้ ช่วงเวลาที่สมเด็จพระสันตะปาปาฟรังซิส ทรงปฏิบัติพระกรณียกิจในราชอาณาจักรไทย ยังความปีติยินดีไม่เพียงแต่คริสตชนคาทอลิกเท่านั้น หากแต่รวมถึงปวงชนชาวไทยที่ได้รับทราบถึงพระกรณียกิจ และพระจริยวัตรอันน่าเคารพรักของสมเด็จพระสันตะปาปา ทั้งยังได้ประทานพระพร กำลังใจ รวมถึงทรงเป็นแรงบันดาลใจอันสำคัญยิ่งแก่ผู้ที่ได้เฝ้าชมพระบารมี เป็นพิเศษสำหรับเยาวชน ผู้เป็นอนาคตของพระศาสนจักร นอกจากนี้ การเสด็จไปเข้าเฝ้าพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว และสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินี เป็นเครื่องหมายแสดงถึงการพระราชไมตรีระหว่างไทยและวาติกันที่แน่นแฟ้นกว่า 50 ปี ทั้งยังเสด็จไปเฝ้าสมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก การพบกับบรรดาผู้นำศาสนา และคริสตศาสนานิกายต่างๆ ก็เป็นการยืนยันถึงมิตรภาพอันสนิทแน่นระหว่างศาสนา และสานต่อความร่วมมือกันเพื่อสันติภาพของโลก ในที่สุดนี้บรรดาคริสตชนไทยจะมุ่งมั่นปฏิบัติตามพระประสงค์ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ที่จะไม่หยุดสวดภาวนาเพื่อพระองค์ และพระกรณียกิจของสมเด็จพระสันตะปาปาที่รักยิ่งของเรา